As origens da Lapa remontam aos primórdios do povoamento de São Paulo de Piratininga. A primeira notícia sobre a região é de 1561 quando os jesuítas receberam uma sesmaria junto ao rio Embiaçaba, depois chamado Pinheiros. Embiaçaba, Ambuaçava, Umbiaçava, Mboaçava, Emboaçava ou Boaçava, topônimo de origem tupi, que significa "lugar por onde passa", designou durante três séculos a região lapeana. A então paragem da Emboaçava, no século XVI, se limitava com os campos de Piratininga (altura do Pacaembu), Aldeia de Pinheiros, Jaraguá (que compreendia Pirituba e Freguesia do 0) e campos de Carapicuíba na altura do município de Osasco. 0 povoamento disperso, com sítios e fazendas, se fez lentamente a partir da construção de uma "fortaleza" para a defesa da Vila de São Paulo, situada além do rio Pinheiros, em 1590. Conservou, porém, reduzido número de habitantes durante muito tempo. Entre os imóveis da Emboaçava, a partir de meados do século XVIII, destacou-se a "fazendinha da Lapa", assim denominada pelos Padres Jesuítas, pelo fato de a terem recebido em doação sob a "condição de se cantar uma missa cada ano à Virgem Santíssima, com o título da Lapa". Limita-se com os sítios: Água Branca, Mandi, Emboaçava e Tabatinguá. A sede engenho e ermida da Lapa - localiza-se no caminho de Jundiaí, junto de um vaio (ponto hoje designado pela avenida Brigadeiro Gavião Peixoto, aproximadamente nos arredores da avenida Mercedes e da rua Guararapes). Devido, porém, ser muito acidentado o terreno e por falta de mão-de-obra, decidiram os religiosos trocá-la no ano de 1743 com outra propriedade situada na baixada santista. Em 1765, toda a paragem de Emboaçava continha apenas cinco casas com trinta e um habitantes, sendo treze homens e dezoito mulheres.